Es indudable que se requiere establecer un balance entre la extracción y la recarga en el acuífero Principal de la Comarca Lagunera, sin embargo a la fecha no se han encontrado los mecanismos para asegurar que las extracciones en los pozos no excedan los volúmenes concesionados y no se ha podido determinar con mayor precisión el volumen real extraído de aguas subterráneas cada año.
El balance general del acuífero se ha estimado en forma indirecta, ya que no se miden las entradas (recarga) ni las salidas (extracciones) y únicamente se miden parcialmente los niveles del agua (almacenamiento) en algunos pozos. A partir de estas estimaciones se han inferido diversas conclusiones, algunas razonables y otras extremadamente alarmistas. La única evidencia contundente hasta ahora del desbalance es el descenso del nivel freático del agua subterránea en el acuífero.
Siendo el acuífero la fuente más importante de abastecimiento de agua para todas las ciudades del valle de la Comarca Lagunera, debería desde hace tiempo contar con una amplia y moderna instrumentación para medir varios parámetros que permitan evaluar su comportamiento en diversos sitios y profundidades. En este caso se aplica la frase: "Lo que no se mide no se mejora".
Con la evaluación detallada de las características y comportamiento del acuífero Principal se pueden obtener mejores bases para regular y controlar las extracciones de los pozos. Por un lado, se ha propuesto instalar medidores telemétricos que registren los caudales extraídos por los pozos en tiempo real y por otro cabe mencionar que el Comité Técnico de Aguas Subterráneas (COTAS) propuso, hace ya algunos años, una red de piezómetros para medir los niveles freáticos en forma digital continua todo el año como herramienta para evaluar el comportamiento del acuífero en diferentes zonas y tiempos en el valle de la Comarca Lagunera.
Si bien se han realizado diversos estudios de las características y comportamiento del acuífero Principal, por tratarse de una zona acuífera compleja y extensa sólo se conocen algunas partes o fracciones, lo que no permite tener una visión integral de todas sus componentes en conjunto. Es imprescindible realizar un estudio geo-hidrológico integral del acuífero Principal.
Actualmente los niveles del agua subterránea se encuentran entre 120m a 180m de profundidad en el área conurbada y su descenso anual varía entre 1.5 m a 3.5 m, dependiendo de cada lugar. El basamento rocoso en el fondo del acuífero, aunque es muy variable, alcanza en algunas zonas profundidades de 600 m a 1,000 m, según los estudios realizados por CONAGUA. Su extensión abarca una superficie de 60 km por 50 km, colindando en la periferia con las sierras de calizas que rodean el valle con las que existen diversas conexiones de aguas subterráneas que recargan al acuífero.
Por lo tanto, es muy importante medir y monitorear con una red de instrumentación las características y comportamiento del acuífero Principal en todos sus componentes.
