Un aspecto de la vida del general Francisco Villa ha sido el referente al proceso penal de que fue objeto por la animadversión de Victoriano Huerta, el mismo no fue concluido debido a los hechos que más adelante daremos a conocer. La detención y posterior enjuiciamiento como ya se ha señalado, tuvo lugar en Jiménez, Chihuahua, debido a la acusación que se le formulara al Centauro del Norte respecto a la sustracción de una yegua de una casa particular.
En un primer momento, Huerta ordenó el fusilamiento de Villa, el cual al estar ya frente al pelotón de fusilamiento, providencialmente apareció el Teniente Coronel Guillermo Rubio Navarrete, quien ordenó se suspendiera el fusilamiento y posteriormente se dirigió a Huerta para aconsejarle que trasladara a Villa a la ciudad de México para ser procesado militarmente, a lo que éste accedió, por ello fue procesado ante un juzgado militar, siendo internado en el penal de Lecumberri, en una celda, incomunicado, en donde aprendió a leer y escribir.
Los delitos que le imputaron a nuestro personaje fueron el de insubordinación, desobediencia y robo, el expediente fue registrado bajo el número 244/1912 del Juzgado Tercero de Instrucción Militar. Villa designó como su defensor al licenciado Adrián Aguirre Benavides, declarando que el apoderamiento de dinero fue con autorización del gobierno de Chihuahua y en cuanto a los delitos de insubordinación y desobediencia, el entonces procesado argumentó que por vía telegráfica se dirigió a Madero y Huerta y les dio a conocer que ya no seguiría sirviendo al ejército federal, dictándole el juez auto de formal prisión, interponiendo recurso de apelación en contra de dicho auto.
De las probanzas ofrecidas por Villa fue la documental, la que consistió en un oficio firmado por el gobernador de Chihuahua, en el que daban a conocer que por órdenes suyas, Villa había solicitado préstamos y confiscado bienes, todo para cubrir los salarios de las tropas a su cargo, así como su alimentación. Al negársele el incidente de sobreseimiento interpuesto por Villa, sus defensores interpusieron el recurso de revisión en contra de dicha resolución, del que conoció la Primera Sala del Supremo Tribunal Militar, el cual fue resuelto el 24 de septiembre de 1912, confirmando el auto impugnado, siendo el presidente de la sala el general Emiliano Lojero, quien fuera el comandante de las fuerzas que combatieran a los maderistas en Torreón en 1911.
El general Villa, convencido de que legalmente no habría de lograr nada positivo, por lo que auxiliado por el secretario escribiente del juzgado de instrucción militar de nombre Carlos Jáuregui, el 26 de diciembre de 1912, se fugó de la penitenciaria militar en compañía del mencionado secretario escribiente, el expediente original fue destruido por un incendio en la prisión militar, reponiéndose con los autos de apelación.
