Santos Preciado señaló que debido a la existencia de distintos sistemas de información de las instituciones integrantes del sector salud, se genera una variabilidad de la calidad de los datos y una limitación del seguimiento personalizado.
En agosto de 2014, la Organización Panamericana de la Salud (OPS) hizo una evaluación del Programa de Vacunación Universal, donde se visitaron los estados de Chihuahua, Nuevo León, Zacatecas, Guanajuato, Estado de México, Ciudad de México, Veracruz, Chiapas y Quintana Roo. Los resultados arrojaron que las coberturas de vacunación tienen limitantes para el análisis de riesgo y la evaluación del desempeño.