En el siglo XVI, y para proteger la Ruta Real de carreteras hacia el interior, se estableció esta ciudad fortificada, llegó a su apogeo en el siglo XVIII, época en que fueron construidos en el estilo barroco mexicano muchos de sus destacados edificios cívicos y religiosos. Algunos de estos edificios son obras maestras de este estilo que se desarrolló en la transición del barroco al neoclásico. Situado a 14 km de la ciudad, el Santuario de Jesús de Nazareno de Atotonilco, que también data del siglo XVIII, es uno de los mejores ejemplos de arte barroco y la arquitectura en la Nueva España. Se compone de una gran iglesia y varias capillas pequeñas, decoradas con pinturas al óleo de Rodríguez Juárez y pinturas murales de Miguel Antonio Martínez de Pocasangre.
Debido a su ubicación, San Miguel de Allende actuó como un crisol donde los españoles, los criollos y los amerindios intercambiaron influencias culturales, mientras que el Santuario de Jesús Nazareno de Atotonilco constituye un ejemplo excepcional de los intercambios entre Europa y las culturas de América Latina. San Miguel de Allende es un ejemplo temprano de un desarrollo territorial y urbano racional en América, relacionado con la protección de uno de los principales caminos españoles del interior. El pueblo floreció en el siglo XVIII con la construcción de una importante arquitectura civil y religiosa que muestra la evolución de diferentes tendencias y estilos, del Barroco al Neogótico tardío del siglo XIX. Las mansiones urbanas son excepcionalmente grandes y ricas para un pueblo medio latinoamericano y constituyen un ejemplo de la transición del Barroco al Neoclásico.
El Santuario de Atotonilco es un complejo arquitectónico notable que ilustra una respuesta específica, inspirada por la doctrina de San Ignacio de Loyola. Su decoración interior, especialmente la pintura mural, hace del Santuario una obra maestra del Barroco mexicano. Tanto el pueblo como el Santuario, íntimamente vinculados, jugaron un papel significativo en el proceso de la independencia mexicana, con impacto a lo largo de América Latina. San Miguel de Allende constituye un ejemplo excepcional del intercambio de valores humanos; debido a su ubicación y funciones, la villa actuó como un crisol dónde españoles, criollos y amerindios intercambiaron influencias culturales, algo que se refleja en el patrimonio tangible e intangible.
El Santuario de Jesús Nazareno de Atotonilco constituye un ejemplo excepcional del intercambio entre la cultura europea y latinoamericana; la disposición arquitectónica y la decoración interior testifican la interpretación y adaptación de la doctrina de San Ignacio de Loyola a este contexto regional específico. San Miguel de Allende es un ejemplo excepcional de la integración de diferentes tendencias arquitectónicas y estilos con base en la traza urbana del siglo XVI. La arquitectura religiosa y civil muestra la evolución de diferentes estilos, bien integrada en un paisaje urbano homogéneo. Las mansiones urbanas son excepcionalmente grandes y ricas para un pueblo medio latinoamericano. El Santuario de Atotonilco es un ejemplo excepcional de un asentamiento religioso específico, que contiene una decoración excepcional que lo convierte en una obra maestra del Barroco mexicano.
Las condiciones requeridas de integridad y autenticidad se cumplen, tanto el pueblo como el Santuario han estado sujetos a pocas alteraciones significantes en el tiempo, los cambios urbanos se han adaptado a las características y escala de la villa y los trabajos de la restauración se han llevado a cabo según los principios teóricos y técnicos apropiados.
