En el análisis que hace la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH) en "Narrativas interdisciplinarias sobre desaparición de personas en México" (2016) señala dos periodos históricos en los que la práctica de la desaparición forzada se utilizó como medida de represión. El primero de ellos comprende de 1968 a 1982, esta etapa es conocida como la "guerra sucia". El segundo periodo se refiere a la década de los noventas y lo identifica por la evolución que tiene la práctica de la desaparición.
En el informe "México. La desaparición: un delito permanente", publicado por Amnistía Internacional (2002), se mencionan dos objetivos concretos como muestra de las acciones de contrainsurgencia coordinadas entre militares y policía, el grupo armado de oposición Partido de los Pobres y el grupo urbano armado Liga Comunista 23 de Septiembre (LC23S). El hecho que se toma como inicio de este primer periodo de desapariciones forzadas es la conocida "noche de Tlatelolco" del 2 de octubre de 1968. Durante la misma, fuerzas del Estado mexicano atacaron un movimiento estudiantil que realizaba una manifestación en contra del gobierno en la plaza de las tres culturas. Además de los datos sobre estudiantes muertos, también hay denuncias que afirman que algunos estudiantes fueron detenidos y luego desaparecidos. Este caso no ha sido investigado plenamente hasta el día de hoy.
De los hechos de desaparición forzada de personas este es uno de los casos sobre los que más existe literatura, también literatura académica. La investigadora Ahremi Cerón, después de hacer una revisión detallada de dicha literatura, considera la "matanza de Tlatelolco" como un punto de quiebre, ya que afirma que "el ejercicio del poder tuvo que modificarse en función de la conciencia política de una parte de la sociedad" (2012, pág. 253). El debilitamiento paulatino, en la segunda mitad del siglo XX, del Estado priista se origina mayormente causas externas, sin embargo, también existieron algunas fisuras internas. Esta es una de ellas. Al mismo tiempo, la relevancia histórica que tienen estos hechos no la tienen por ser acontecimientos que cambiaron drásticamente a la sociedad o porque ayudaron a cambiar de régimen. Para este periodo la CNDH menciona que entre los años 1968 al 1988 solamente se registraron 30 casos de desaparición.
El segundo periodo que se señala es la década de los noventas. En la narrativa histórica de la CNDH se identifica un segundo periodo de desapariciones forzadas. En este periodo, se hace referencia a dos factores de cambio con respecto al anterior periodo, primero, ya no es una práctica dirigida exclusivamente a movimientos guerrilleros sino que también a todo tipo de movimiento social; segundo, el análisis de la CNDH afirma que "uno de los rasgos más importantes de este viraje fue la desaparición de diversos elementos de instituciones gubernamentales de seguridad y justicia, así como la relación de esta práctica con operaciones contra el narcotráfico o bien nuevas modalidades de actuaciones delincuenciales".
La anterior información se contrasta con el contenido del informe de Amnistía Internacional. Coincide en la identificación de un segundo periodo en la década de los noventas, sin embargo, el informe sostiene que dichas desapariciones forzadas suceden "en el contexto de las operaciones de contrainsurgencia emprendidas por las fuerzas armadas y la policía contra el Ejército Zapatista de Liberación Nacional y el Ejército Popular Revolucionario (EPR)". Para esta segunda etapa, el informe de la CNDH refiere que entre los años de 1990 y 2000 se registraron 31 casos de desaparición. Es solamente un caso más que en el periodo de la "guerra sucia", sin embargo, el periodo de años que abarca el segundo periodo es mucho menor que en anterior.
En suma, se puede afirmar que en los dos periodos señalados acontecen desapariciones forzadas que obedecen a una lógica de represión de actores políticos de oposición al régimen que domina el escenario hasta entonces. En los dos periodos se produjeron movimientos sociales y políticos. Del primer periodo se puede tomar como referencia el movimiento provocado por la "noche de Tlatelolco", y del segundo periodo se puede ejemplificar con el movimiento zapatista; sin embargo, ninguno de los dos logró modificar significativamente el orden establecido a nivel nacional. Los dos informes contrastados, dan cuenta de ello. En el actual proceso electoral, la tragedia de la desaparición de más de 53 mil personas no son parte de la agenda. Las propuestas para enfrentar esa tragedia tampoco. Pareciera que en México las desapariciones forzadas no impactan en los procesos sociales en general y ni en las coyunturas en particular.
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