Parece que el delito de la desaparición forzada en México pasó del contexto de la guerra contra la oposición política al contexto de la guerra contra el narcotráfico. Se podría señalar un cambio de tendencia en el fenómeno de la desaparición en el territorio nacional entre los casos ocurridos en las últimas tres décadas del siglo pasado y los casos de desaparición en lo que va del presente siglo. Una manera de mostrarlo es a partir de los números que la Comisión Nacional de Derechos Humanos (CNDH) presentó el 6 de abril del año que termina en el Informe Especial sobre Desaparición de Personas y Fosas Clandestinas en México.
Según dicho informe, en el periodo de 1968 a 1994 se tiene registro de 34 casos de desaparición, de 1995 al 2000 se cuentan oficialmente 44 casos, en los siguientes 6 años, de 2001 a 2006 se contabilizan 193 casos, en el sexenio de 2007 a 2012 se registran 13,549, y por último, en el periodo de 2013 a 2016 la cifra es de 15,647. A partir de los hechos del 2 de octubre de 1968, se inicia el periodo conocido como la "guerra sucia", con ese término se quiere designar a las prácticas del Estado en contra de líderes sindicales, líderes estudiantiles, y grupos de oposición al régimen de un partido político que duró 70 años y nueve meses continuos en el poder, más tiempo de gobierno que cualquier otra organización política en América Latina.
En el informe "México. La desaparición: un delito permanente" elaborado por Amnistía Internacional en 2002, se señalan dos periodos donde la desaparición forzada se utilizó como medida de represión. Primero, en la década de los setenta y principio de los ochenta, los objetivos de las desapariciones eran militantes de grupos armados de oposición y otros sujetos considerados por las autoridades oficiales como opositores políticos (activistas o líderes sociales); dentro de este periodo, el informe menciona dos objetivos concretos como muestra de las acciones de contrainsurgencia coordinadas entre militares y policía: el grupo armado de oposición Partido de los Pobres y el grupo urbano armado Liga Comunista 23 de Septiembre.
El segundo periodo que señala el informe es el de la década de los noventa. La mayoría de las desapariciones forzadas se realizaron en el sureste mexicano, en las entidades de Chiapas, Oaxaca y Guerrero. Y sucedieron "en el contexto de las operaciones de contrainsurgencia emprendidas por las fuerzas armadas y la policía contra el Ejército Zapatista de Liberación Nacional y el Ejército Popular Revolucionario" (Amnistía Internacional, 2002). En este mismo periodo, el informe incluye la denuncia de que en otras zonas del país acontecen otras desapariciones en el contexto de lucha contra el narcotráfico realizadas prioritariamente por el ejército y en el marco de la actuación policial contra presuntos delincuentes o por la colusión entre policías y bandas de narcotraficantes.
Se puede establecer un tercer periodo, a partir de 2000, en el que el fenómeno de las desapariciones comienza a aumentar significativamente, y en 2006 muestra un crecimiento exponencial. Sobre este periodo, la organización Human Rights Watch en su Informe Mundial 2017 señala que las fuerzas de seguridad mexicanas han estado implicadas en reiteradas y graves violaciones de derechos humanos, incluidas las desapariciones forzadas, en el marco de acciones contra el narcotráfico y el crimen organizado, especialmente a partir de 2006, sin apuntar ningún patrón especifico de víctimas.
Así, parece que se puede observar un cambio de tendencia en los objetivos de victimación de la desaparición forzada. Mientras que en la década de los setenta y ochenta, desaparecían personas con un claro perfil opositor al régimen -y los victimarios también tienen un perfil claro, policías y militares. En la década de los años noventa se produce una combinación. Acontecen desapariciones forzadas que obedecen a una lógica de represión de actores políticos de oposición y, al mismo tiempo, comienzan las desapariciones forzadas en el marco de las acciones contra el narcotráfico. El victimario sigue siendo el mismo que el periodo anterior.
A partir del año 2000 predomina el contexto de la "guerra contra el narcotráfico" como el factor que permite enmarcar las desapariciones forzadas. Esta "guerra" se convierte en un marco ambiguo donde el victimario no es tan claro de identificar. Por un lado, a las fuerzas armadas del Estado mexicano se les considera responsables directas de un número reducido de casos, por otro, resulta difícil atribuir el resto de desapariciones a grupos de narcotraficantes que actuaran con completa autonomía.
