Interiores de la antigua Casa de la Hacienda La Floreña, propiedad de Juan Nepomuceno Flores, quien apoyó a la invasión extranjera alojando en su hacienda destacamentos de soldados franceses.
Juan Nepomuceno Flores por colaborar con los franceses y el Imperio de Maximiliano, provocaron a su economía una reacción en cadena: como fue la incautación de sus haciendas: de Avilés, San Fernando y Guadalupe, de Peñón Blanco; las primeras productoras de algodón y de ganado lanar y la segunda su fábrica Textil, con lo cual cesó súbitamente el suministro de las materias primas que su empresa requería; esto trajo como consecuencia la paralización textil, problema éste al que se sumaron las exacciones fiscales impuestas por Hacienda. No obstante, de que se haya castigado a Juan Nepomuceno Flores Alcalde lo distinguieron junto a Jesús Arriola como oficiales de la "Orden Imperial de Guadalupe", y otros personajes que habían sido señalados y favorecidos por los invasores y, quizá el más afectado en sus intereses fue Juan N. Flores. Por otra parte, de acuerdo al decreto de 3 de diciembre de 1865, se impusieron sanciones económicas a quienes aceptaron subvenciones, títulos y reconocimientos del gobierno imperial.
En esa época Benito Juárez García había sido electo a la presidencia de la República, estableciendo su gobierno en la Cd. de México, para cubrir el período del 15 de junio de 1861-1865. Pero Juárez al sentirse afectado por la deuda externa ordena la suspensión de pagos por parte de su gobierno en 1861, dando pie a la reacción de las potencias europeas para reclamar sus pagos e indemnizaciones, una de ellas fue Francia, lo que sería la segunda Intervención en México para derrocar al gobierno legítimo, por lo cual fue inevitable una guerra contra el ejército francés. Con el triunfo en Puebla de los Ángeles el 5 de mayo de 1862, se detuvo un año la ocupación de México, pero el 7 de junio de 1863 los franceses ocuparon la Ciudad de México, Juárez, no tuvo más remedio que abandonar la Ciudad de México, para establecer provisionalmente en algún punto de la República, donde se tuviera la seguridad de no caer en manos de los franceses invasores. Fue así como el Congreso mexicano en sesión celebrada con ese único fin, autorizó al Presidente de la República facultades extraordinarias, sin más limitación que preservar la integridad del territorio nacional, y ordenó que lo acompañaran en su viaje los integrantes de los poderes ejecutivo y judicial, sin dejar el "Archivo Nacional".
A fines de junio de 1864, las tropas francesas penetraron al territorio duranguense, ocupando a su paso varias poblaciones del sur del estado, como fue la Villa de Nombre de Dios y la hacienda de Navacoyán, y el 4 de julio las tropas intervencionistas al mando del general L¨Heriller se posesionaron pacíficamente de la ciudad de Durango en medio del regocijo de los ricos conservadores, que, recién llegados a contribuir económicamente contra los invasores, los recibieron con aclamaciones y vítores, no obstante, reiteradamente a los pobladores a resistir y no entregar pacíficamente la capital a los enemigos. Juárez en su pasó hacia el norte, y después de peregrinar las tierras laguneras de Coahuila, el Presidente continuó hacia La Laguna de Durango, arribando en la madrugada del día 4 de Septiembre de 1864, a la Hacienda de Santa Rosa de Lima, acompañándolo varios de sus colaboradores, entre los que figuraban Guillermo Prieto, Sebastián Lerdo de Tejada, y José María Iglesias. El hecho histórico que se registró en este lugar fue la formación del primer cuerpo del Ejército de Occidente, compuesto de las divisiones que había organizado en el Estado de Nuevo León al mando del general Alcalde, de Zacatecas y la división del general Patoni, nombrando de jefe general a González Ortega y de segundo a Patoni, ordenando la campaña sobre Durango y Zacatecas. A esta disposición del presidente Juárez se le conoce en nuestra historia como "El Acuerdo de Santa Rosa"
En este lugar el General Donato Guerra, que radicaba en el poblado de San Fernando, organizó una tropa republicana, con el fin de apoyar al Presidente trashumante, para ello contó con la participación de varios ciudadanos originarios y vecinos de dicha hacienda, denominándolo como "Regimiento de La Laguna", al cual encabezaba el propio general Guerra, coronel Doroteo Rosales, mayor J. Marcos Guerrero y el capitán Primero Ramón Castro, además, los lugareños de los poblados más importantes, como San Juan de Avilés, poniéndolos a disposición del Lic. Benito Juárez. La caravana de carruajes y carretas continuó el 8 de septiembre de 1864 al Rancho de San Fernando, y el 9 salieron con rumbo a San Isidro y Jacales, después a la Villa de Mapimí ese mismo día. Por otro lado, Juan Nepomuceno Flores en ese año apoyó la invasión extranjera alojando los destacamentos de soldados franceses en la Hacienda de Avilés, asistiéndolos con comida y con 200 hombres armados. Mientras de Viesca, Jesús González Herrera con 900 hombres ataca a finales de diciembre de 1865 al campamento francés que se encontraba en Avilés, presentándose un gran combate en San Carlos entre ambos bandos, obteniendo un triunfo de los soldados liberales, causando diez bajas de franceses y un mexicano.
En Durango, los invasores franceses traían instrucciones de convocar el vecindario para que con absoluta libertad nombraran autoridades que se encargaran de la administración de la autoridad del departamento: a Buenaventura González Saravia, como prefecto político, y el licenciado Rodrigo Durán, como prefecto municipal, además el consejo Departamental quedó integrado por Juan N. Flores, Toribio Bracho, Francisco Gurza, Ignacio Asúnsolo y Felipe Pérez Gavilán, todos ellos conocidos terratenientes y empresarios de la entidad. La colaboración de Juan N. Flores Alcalde y otros propietarios de haciendas continuaba en consonancia con el Imperio, coadyuvando al proyecto de colonización mediante el fomento y protección de la inmigración extranjera. Flores Alcalde en septiembre de 1865, correspondió a proporcionar habitación, 50 sitios de terreno en el bolsón de Mapimí y 50,000 pesos para 25 colonos, que a cambio se comprometían a contener los ataques de bárbaros o bandidos.
Y en otra parte del estado los republicanos se unían en guerrillas para hostilizar al enemigo que continuaba apoderándose de poblaciones de la parte oriental: San Juan del Río, Cuencamé, San Juan de Guadalupe, Tlahualilo y Nazas. Así fue como los cascos de importantes haciendas como Avilés ---propiedad de Flores Alcalde--- y San Antonio del Coyote, Coahuila, fueron ocupados y utilizados como cuarteles. Con estos apoyos le habían retribuido a Flores "la legalidad" necesaria para perseguir sus enemigos políticos, de manera que el poder económico y el político que llegó a tener, le permitieron influir "en el ánimo de las autoridades y "mover a parcialidad a los jueces". En determinado momento los Estados Unidos se negó a otorgarle su reconocimiento como Emperador de México a Maximiliano de Habsburgo, y solicitó la retirada de los ejércitos invasores y la no intervención en los asuntos de México, hecho que Napoleón III, presionado por la política estadounidense y ante la amenaza del gobierno prusiano, resolvió poner fin a la ocupación y retirar las fuerzas militares de México.
Por consecuencia vinieron aplacar la insaciable voracidad de don Juan Nepomuceno Flores y su descendencia, a la que puso un punto final el gobierno legítimo de la República presidido por el Patricio Lic. Don Benito Juárez, ya que, con la retirada del ejército francés en octubre de 1866, los franceses iniciaron la desocupación del país. A raíz del desconocimiento de Flores, el general liberal Francisco Ortiz de Zárate da la legalidad a los hechos y después de tres años de haber existido la Villa de Lerdo, con toda justicia dictamina y aprueba el decreto No. 62 de fecha 24 de junio de 1867: "Artículo 1º.-, se erige en cabecera de municipalidad, con el nombre de Villa de Lerdo de Tejada". Por lo tanto, se ratificó por utilidad pública la expropiación de terrenos de la Hacienda de San Fernando, propiedad de Juan Nepomuceno; así como lo estipulaba el decreto de Benito Juárez del 8 de septiembre de 1864. Y por Ley de 16 de agosto de 1867, don Juan Nepomuceno Flores fue declarado Traidor aplicándosele todas las penas relativas, siéndole confiscados sus bienes.
