La CNDH exhortó a instancias de los tres niveles de gobierno a iniciar acciones para restituir sus derechos humanos a la población wixárika, en el caso de la explotación minera en Wirikuta. El organismo defensor ratificó en un comunicado que luego de realizar una investigación exhaustiva en la que se solicitaron informes a diversas autoridades federales, estatales y municipales se observó que existen graves pasivos ambientales en la zona. De igual forma se detectó que diversas instancias han omitido verificar el cumplimiento de las normas en materia minera, ambiental y de aguas nacionales, a través de actos de inspección, vigilancia, verificación y monitoreo. La CNDH además detectó que no se han implementado medidas de prevención y mitigación del daño ambiental en beneficio de los 192 mil 254 habitantes de los municipios que integran Wirikuta, así como de la comunidad wixárika. En la recomendación 56/2012 la comisión advirtió que en el polígono del área natural protegida de Wirikuta existen 68 lotes mineros y a la fecha se tramitan cuatro nuevas solicitudes de concesión, con lo que se arriesga la integridad medioambiental de la zona.