La gran hazaña se repitió en el Verano 2001, Santos Laguna obtiene el segundo título de su historia, luego de ubicarse como segundo lugar de la tabla general, por cuarta vez juega una final y obtiene por segunda ocasión en torneos cortos el campeonato, ahora al vencer a los Tuzos del Pachuca en la gran final. Robson Luiz anotó el gol del campeonato y eso le valió mantenerse un torneo más con el equipo, aunque el moreno nada más pudo aportar y finalmente quedó fuera de la organización.
En un hecho histórico y sin precedentes, al día siguiente de ganar el campeonato, cerca de 600 mil personas participaron en un desfile que se inició en Lerdo y terminó en Torreón, durante el recorrido los jugadores y cuerpo técnico fueron vitoreados como héroes
Llegaba el Invierno 2001 y como técnico campeón, Fernando Quirarte se mantiene en la dirección técnica, Santos Laguna finaliza entre los diez primeros lugares de la tabla general; se jugó la semifinal, que se perdió ante los Tigres.
El conjunto albiverde mantuvo un buen nivel competitivo en el Verano 2002, al formar parte de un grupo muy competitivo, nuevamente se logra el objetivo de entrar a la liguilla, pero se pierde el juego semifinal ante el Necaxa.
Llegan los Torneos de Apertura 2002 y Clausura 2003
Más cambios se dan en cuestión de calendario y por motivos mercantiles ahora los Torneos se denominan Apertura y Clausura.
Santos Laguna surfre cambios en la dirección técnica ya que Fernando Quirarte no llega a un acuerdo con la directiva por lo que se tiene la necesidad de contratar a Sergio Bueno procedente del Atlético Celaya. En un hecho sin precedentes, Fernando Quirarte reconsidera su postura y se manifiesta dispuesto al diálogo, aunque la directiva anuncia que no hay marcha atrás. Al arranque del torneo, Sergio Bueno logra su primera victoria ante el Atlas, en el Estadio Jalisco, sin embargo, despúes de ese triunfo ligó cinco derrotas, lo que complicaba mucho el pase a la liguilla; se da así la llegada de Luis Fernando Tena quién consiguió que el equipo llegara a la semifinal ante Tolúca, en donde cayó derrotado.
Hoy en día, con algunos ajustes en la plantilla de jugadores, Luis Fernando Tena parece ir en el camino correcto, el Torneo Clausura 2003 es muy joven, pero existe el plantel suficiente para tener a Santos Laguna en los primeros planos del futbol mexicano, esa es la primera obligación.
