El exgobernador tuvo una turbulenta administración.
Durante la administración de Aristóteles Sandoval Díaz, como gobernador de Jalisco, algunos de sus colaboradores fueron asesinados o sufrieron atentados; el primero ocurrió nueve días después de que asumió el cargo.
La tarde del 9 de marzo de 2013, Jesús Gallegos Álvarez, quien se desempeñaba como secretario de Turismo del gobierno de Jalisco, fue emboscado y asesinado en las calles de la colonia Colinas de San Javier, en Zapopan.
Las investigaciones de la fiscalía de Jalisco revelaron que el funcionario lavaba dinero para el Cártel de los Caballeros Templarios, por lo que fue asesinado por sicarios del Cártel de Jalisco Nueva Generación (CJNG).
Gallegos Álvarez también fue socio de empresas inmobiliarias que levantaron varios desarrollos de lujo en Puerto Vallarta, Nuevo Vallarta, Zapopan, Guadalajara y Texas; entre estos está la Torre Icon Vallarta, donde Sandoval Díaz tenía un departamento.
En marzo de 2015, el comisionado de Seguridad Pública, Alejandro Solorio, fue emboscado también en Zapopan; tras un enfrentamiento a tiros, salió ileso.
En junio de ese mismo año fue asesinado en Guadalajara, muy cerca de Casa Jalisco, el exalcalde de Autlán, Javier Galván, uno de los colaboradores cercanos de Sandoval Díaz durante su gestión como presidente municipal de Guadalajara (2009-2011).
En mayo de 2018, durante los últimos meses de su gestión, Luis Carlos Nájera, quien fuera fiscal hasta 2015 y se desempeñaba entonces como secretario del Trabajo, sufrió un atentado, del cual salió con vida.
