La plataforma de minería de datos llamada Lemon ayuda a los investigadores farmacológicos a explotar mejor la Base de Datos de Proteínas (PDB, por sus siglas en inglés). (ARCHIVO)
Científicos que diseñan fármacos deben extraer datos biológicos y entrenar al software para que comprenda cómo un cuerpo humano podría interactuar con las combinaciones que se hacen para elaborar un medicamento, señala un trabajo publicado en la revista Bioinformatics.
Justo uno de los retos en el uso del aprendizaje automático para desarrollar medicamentos es crear un proceso para que la computadora extraiga la información necesaria de un grupo de puntos de datos.
La plataforma de minería de datos llamada Lemon ayuda a los investigadores farmacológicos a explotar mejor la Base de Datos de Proteínas (PDB, por sus siglas en inglés), un recurso integral con más de 140 mil estructuras biomoleculares que cada semana pone a disposición nuevas estructuras.
Gaurav Chopra, profesor asistente de química analítica y física en la Facultad de Ciencias de Purdue, quien trabaja con otros investigadores en el Instituto Purdue para el Descubrimiento de Fármacos, fue quien lideró el equipo creador de Lemon.
El PDB es una herramienta esencial, el problema es que puede tomar una enorme cantidad de tiempo clasificar todos los datos acumulados.
La plataforma de software Lemon es una biblioteca rápida basada en el lenguaje de programación C++11, la cual aprovecha enlaces Python para realizar la minería de datos de la PDB en sólo unos minutos.
La carga de todos los archivos mmCIF tradicionales en la PDB lleva unos 290 minutos, pero Lemon lo hace en unos seis minutos cuando aplica un flujo de trabajo simple en una máquina de ocho núcleos.
La plataforma, además, permite al usuario escribir funciones personalizadas, incluirlas como parte de su paquete de software y desarrollar funciones personalizadas de manera estándar para generar conjuntos de datos de evaluación comparativa, únicos para toda la comunidad científica.
Jonathan Fine, estudiante del doctorado en química quien trabajó con Chopra para desarrollar la plataforma, expresó: “creamos Lemon como una ventana única para extraer rápidamente todo el banco de datos y extraer la información biológica útil, que es clave para el desarrollo de medicamentos”.
