Hacienda de San José de la Goma, donde el Presidente Benito Juárez se alojó la noche del día 12 de septiembre de 1864.
En el Estado de Durango el enemigo francés continuaba apoderándose de las poblaciones de la parte oriental del Estado de Durango: San Juan del Río, Cuencamé, San Juan de Guadalupe, Tlahualilo y Nazas. Los invasores franceses convocaron el vecindario de la Capital Durango, para que con absoluta libertad nombrar autoridades que se encargaran de la administración de la autoridad del Departamento: a Buenaventura González Saravia, como prefecto político, y el licenciado Rodrigo Durán, como prefecto municipal, además el consejo Departamental quedó integrado por Juan N. Flores, Toribio Bracho, Francisco Gurza, Ignacio Asúnsolo y Felipe Pérez Gavilán, todos ellos conocidos terratenientes y empresarios de la entidad. Y las tropas extranjeras se habían apropiado de los cascos más importantes de las haciendas, como Avilés ---propiedad de Flores Alcalde--- y San Antonio del Coyote, Coahuila, utilizados como cuarteles. Con estos apoyos le habían retribuido a Flores "la legalidad" necesaria para perseguir a sus enemigos políticos, de manera que el poder económico y el político que llegó a tener, le permitieron influir "en el ánimo de las autoridades y "mover a parcialidad a los jueces".
A principios de noviembre de 1864 había llegado a Durango Capital el Gral. De Castagny para sustituir al Gral. L`Heriller; el nuevo jefe francés desarrolló una gran labor social muy importante, seguramente para convencer a los durangueños que debían dejar sus ideas republicanas; aunque cabe asegurar que la clase alta fue imperialista, y el pueblo fue de idea republicanas. Por esta razón los actos sociales organizados por el Ejército francés, con toda la etiqueta versallesca, resultaron muy animados. El Gral. De Castagny, dado su carácter social al que se unía su buen tipo supo captarse la simpatía de la sociedad local y hasta se hablaba de amores románticos con una joven muy bella, perteneciente a una de las principales familias.
Mientras en Durango continuaban los bailongos en honor a los oficiales franceses, como el del domingo 4 de diciembre de 1864, dedicado al General Castagny, por los vecinos de la ciudad, y el del 15 de agosto de 1865 ocasión del cumpleaños del Emperador Maximiliano y obsequiado por el propio General Castagny. Este último, seguramente fue un acontecimiento social sin procedente en la historia social de Durango, pues de él quedó una bella crónica en verso, escrita por el poeta durangueño Lic. Vicente Quijar: ¡De estas rosas no hay en Francia, Mí general Castagny! ¡Este garbe, esta arrogancia, Son propios sólo de aquí!
La colaboración de Juan N. Flores para la causa imperialista tuvo mucho que ver y de otros propietarios de haciendas; quienes siempre estuvieron en consonancia con el Imperio; y coadyuvando al proyecto de colonización mediante el fomento y protección de la inmigración extranjera. Flores Alcalde en septiembre de 1865, correspondió a la respuesta económica de los franceses a proporcionar habitación, 50 leguas de terreno en el bolsón de Mapimí y 50,000 pesos para 25 colonos, que a cambio se comprometían a contener los ataques de bárbaros o bandidos. Por otra parte, de acuerdo al decreto de 3 de diciembre de 1865, se impusieron sanciones económicas a los que habían aceptado subvenciones, títulos y reconocimientos del gobierno imperial. No obstante, de que se haya castigado a Juan Nepomuceno Flores Alcalde, los conservadores lo distinguieron junto a Jesús Arriola como oficiales de la "Orden Imperial de Guadalupe", y otros personajes importantes.
El II Imperio francés en México no había podido crear un ejército propio y en condiciones económicas difíciles, no obstante, los bancos ingleses, cuando vieron cierta estabilidad le otorgaron importantes créditos recursos que derrocharon en obras suntuosas. Así mismo en determinado momento los norteamericanos se negaron a otorgarle su reconocimiento como Emperador de México a Maximiliano de Habsburgo, como consecuencia de la presión hecha por el Gobierno de los Estados Unidos del Norte, sobre el de Francia, solicitando la retirada de los ejércitos invasores de México y la no intervención en los asuntos de México. Hechos que Napoleón III, presionado por la política estadounidense y ante la amenaza del gobierno prusiano, resolvió en octubre de 1866 poner fin a la ocupación y retirar las fuerzas militares de México.
Ante estas presiones los franceses no tuvieron más remedio que llevarse sus fuerzas militares, máxime cuando Napoleón veía venir la guerra con Alemania, por lo que, al saberse esta noticia entre el elemento republicano, fue motivo de alegría, multiplicándose por todo el país los cabecillas que daban por seguro el triunfo de la República. Fue así como el Ejército Francés abandona Durango, comenzando a salir del Estado el 4 de agosto de 1866, rumbo a San Luis Potosí, quedando la plaza defendida por los republicanos del Batallón Mixto compuesto de trescientos hombres, un escuadrón de cien hombres de caballería, más el Batallón Imperial formado por seiscientos infantes.
Ante esto los jefes del Ejército francés dándose cuenta lo que sucedía en Durango, éstos consideraron que la plaza era indefendible, ya que por todos rumbos avanzaban sobre ella los republicanos. Los franceses abandonaron Durango en los últimos días de noviembre de 1866, siendo ocupada inmediatamente por las tropas del Gral. Silvestre Aranda. Al entrar a la Ciudad el Gral. Aranda, traía el nombramiento de Gobernador y Comandante Militar del Estado de Durango, expedido a su favor por el Presidente Juárez, reorganizando los servicios públicos y a los más conocidos imperialistas los castigó imponiéndoles fuertes multas, a los demás los trató con benignidad.
Habiendo sido la clase alta de Durango simpatizadora del imperio, Aranda se concretó a castigar a unos cuantos, quizá a los que más se distinguieron como tales. En lo general las medidas que tomó el Gral. Aranda, crearon la confianza y la unión entre los durangueños en aquellos momentos tan difíciles. Por otro lado, el 26 de diciembre de 1866 el Presidente Juárez llega a Durango, procedente del Norte, su entrada es descrita por el Lic. Luis Zubiría y Campa: "La comitiva oficial entró en elegantes coches, y el pueblo, delirante, pretendió arrastrar la carretela presidencial y quitarlos; pero el señor Juárez de manera suplicatoria se opuso a ello".
"Al pasar el Presidente por el lado oriente de la Plaza de Armas, se le extendió una gran bandera francesa para que pasara sobre ella; al notarlo don Benito, detuvo la carretela disgustado y ordenó que fuera levantado el referido pabellón. Por la noche se dio un gran baile en el salón principal del Palacio de Gobierno, asistiendo, entre otras; la señora Guadalupe Porras de Mascareñas, con quien bailó una pieza el Presidente". Al día siguiente se obsequió al señor Presidente un suntuoso banquete; al finalizar éste, hubo varios brindis, y el señor Cayetano Mascareña fue el encargado de pronunciar unos versos que terminaban así: "Brindó por las blusas rotas, En la guerra, no en la paz; No por los falsos patriotas; Que gusta ponerse botas, Al sol que calienta más".
Al triunfo del ejercito Republicano, vinieron aplacar la insaciable voracidad de don Juan Nepomuceno Flores y su descendencia, a la que puso un punto final el gobierno legítimo de la República presidido por el Patricio Lic. Benito Juárez. A raíz del desconocimiento de Flores, el general liberal Francisco Ortiz de Zárate da la legalidad a los hechos y después de tres años de haber existido la Villa de Lerdo, con toda justicia dictamina y aprueba el decreto No. 62 de fecha 24 de junio de 1867: "Artículo 1º.- se erige en cabecera de municipalidad, con el nombre de Villa de Lerdo de Tejada". Por lo tanto, se ratificó por utilidad pública la expropiación de terrenos de la Hacienda de San Fernando, propiedad de Juan Nepomuceno; así como lo estipulaba el decreto de Benito Juárez del 8 de septiembre de 1864". Y por Ley de 16 de agosto de 1867, don Juan Nepomuceno Flores fue declarado Traidor aplicándosele todas las penas relativas.
