Nativo de Durango, Durango, fue hijo de don José Leonardo Flores, natural de Coahuila y doña María de la Luz alcalde natural de Durango, Durango. Tomó por esposa a doña María de la Luz Quijar y alcalde natural de San Miguel el Mezquital en 1828. En ese año había habido una sequía notable que dejó en la ruina a agricultores y ganaderos, sin embargo gracias a su laboriosidad juvenil, logró en ocho años reunir suficiente capital para comprar a plazos a la señora doña Juana Marcelina Bustamante, la inmensa Hacienda de Ramos (que había sido fundada por don Juan José Zambrano) río arrabal del Nazas, haciéndose solidario de sus deudas. De la misma manera compró a los herederos de don José Andrés de Velasco y de don José Zambrano el inmenso latifundio de San Juan de Casta (hoy León Guzmán, Durango) que abarcaba las tierras del Aguanaval, las tierras del Bolsón de Mapimí y hasta la Hacienda de San Fernando (hoy Lerdo, Durango) y confinando con las tierras del Marqués de Aguayo.
Era muy difícil trabajar y hacer producir esa enorme extensión de tierras ya que era constante la lucha con las tribus bárbaras que la poblaban y que asesinaban cuanto campesino encontraban, por lo que era muy difícil lógicamente conseguir trabajadores y hombres de guerra para combatirlos y expulsarlos. Fue una empresa que sólo un hombre valeroso, fuerte y valioso como don Juan Nepomuceno Flores podía realizar.
Hizo productivas a las tierras de La Laguna del Caimán o de Tlahualilo, que ya desapareció; la Hacienda de San Fernando, de Avilés (hoy Ciudad Juárez, Durango) y San Carlos. Río arriba, San Juan de Casta y todas las tierras ribereñas del Nazas y Aguanaval. Ranchos ganaderos y agrícolas en eterno trabajo y posteriormente fundaría su fábrica textil de Peñón Blanco. Algunos de sus numerosos ranchos ganaderos fueron: La Loma, Cinco Señores, (hoy Nazas, Durango), San Pedro del Gallo y hasta cerca de Cuencamé: Cerro Gordo, Las Cruces Torreón de Cañas y la Zarca, 12 años después de don Juan Nepomuceno Flores en 1848 aparecen en La Laguna otros dos grandes hombres de empresa don Juan Ignacio Jiménez y don Leonardo Zuloaga.
Desgraciadamente gran parte de los hacendados en el norte de la República apoyaron la intervención francesa por el desorden que había en el sur: En Nuevo León y Coahuila, Santiago Vidaurri, los hermanos Sánchez Navarro, y Leonardo Zuloaga. En Chihuahua Luis Terrazas jugando dos barajas y en Durango don Juan Nepomuceno Flores y otros terratenientes; fue nombrado presidente del concejo del Gobierno del Estado de Durango por el Emperador Maximiliano. Lo anterior trajo como consecuencia el fusilamiento de Santiago Vidaurri en Nuevo León, y la confiscación de los bienes de los Sánchez Navarro, Leonardo Zuloaga y don Juan Nepomuceno Flores que sólo conservó como hemos dicho, la hacienda de Avilés.
Muere don Juan Nepomuceno Flores el domingo día 15 de diciembre de 1886 a las 7:30 horas en su finca de campo, San Juan de Avilés.
PEQUEÑO HOMENAJE A UNA GRAN MUJER
A doña María de la Luz Quijar y Alcalde de Flores, pilar de la grandeza lagunera. Fue originaria de San Miguel del Mezquital, contrajo matrimonio con don Juan Nepomuceno Flores en 1928 quien debido a la enorme sequía, había quedado como tantos otros en la ruina; pero aquella pareja de jóvenes, sin contar más que con la pequeña dote de tres mil pesos, que incluía una pequeña Huerta, se dedicaron en cuerpo y alma al trabajo, codo con codo, en las labores del campo y administración, lo que tuvo como resultado que en ocho años pudieron reunir un capital suficiente para iniciar la compra a plazos de propiedades que durante 100 años habían consumido la vida y los esfuerzos de grandes colonizadores.
Le dio a don Juan Nepomuceno seis hijos: Doña María de la Luz, don Juan Francisco, don Juan Fernando, doña María de los Ángeles, don Juan Nepomuceno y doña Rosa de Jesús.
Con el esfuerzo mutuo lograron el prodigio extraordinario de poner a flote empresas agrícolas, industriales y ganaderas. Cuantas veces encabezó la empresa mientras don Juan Nepomuceno cabalgaba en pie de guerra contra las tribus salvajes que daban tregua desde Indé y la Hacienda de Ramos a la hacienda de San Juan de Casta y San Juan de Avilés. Sólo con el apoyo y respaldo de su esposa, una mujer que durante 50 años fue el centro de un imperio que al final supo con grandeza cristiana y entereza, afrontar los problemas y mostrar la enorme generosidad que sólo los grandes tienen. Doña María de la Luz Quijar y Alcalde de Flores, pilar del orgullo lagunero.
