En el área conurbada de la Comarca Lagunera se encuentra la reserva de agua subterránea más importante de la región en el acuífero Principal, que está delimitado al sur por la sierra de las Noas y al poniente por la sierra del Sarnoso, abarcando hasta el norte más allá de San Pedro y Tlahualilo.
Otro acuífero importante en la región, aunque de menor tamaño, es el de "Villa Juárez", que queda comprendido desde la presa de Las Tórtolas hasta el inicio de Ciudad Lerdo, pasando por el Cañón de Fernández y el valle de Ciudad Juárez, Dgo.
El acuífero de "Villa Juárez" tiene una importancia fundamental para la región al recibir las aportaciones de agua subterránea por infiltraciones en el cauce del río Nazas y por ser una fuente de abastecimiento de agua en el valle de Ciudad Juárez, Dgo. y en la zona urbana de Lerdo para el uso doméstico, público-urbano, industrial y agrícola, así como por su conexión con el acuífero Principal del valle del área conurbada.
De acuerdo a la información de CONAGUA, dicho acuífero está en equilibrio entre las extracciones que se realizan y la recarga que recibe año con año durante el ciclo de riego agrícola. Se estima que la recarga anual es de 100 millones de metros cúbicos (Mm3) y las extracciones se han cuantificado en 63 Mm3. El nivel freático del acuífero en las zonas cercanas al río oscila entre 4 m y 8 m de profundidad, según la época del año. Es necesario aclarar, que el acuífero de "Villa Juárez" no tiene capacidad suficiente para abastecer al área conurbada, cuya demanda anual se estima en 170 Mm3.
Las concesiones de agua de la termoeléctrica de CFE son de 8.8 Mm3/año, el organismo operador del suministro de agua en Lerdo (SAPAL) extrae 13.9 Mm3/año, además de las extracciones de 3.1 Mm3 en las numerosas comunidades del municipio de Lerdo, mientras que de acuerdo al balance hídrico se calcula que en la agricultura se emplean anualmente 37 Mm3 y que tiene una descarga natural al acuífero Principal estimada en 40 Mm3, la cual ocurre en la medida en que el nivel freático del acuífero de "Villa Juárez" asciende al recibir la recarga del río Nazas. Es importante señalar, que si bien hay conexión entre ambos acuíferos, son diferentes en extensión, configuración y profundidad.
En la década de los 80´s se intentó establecer un sistema de abastecimiento de agua para la parte norte del valle del área conurbada (Tlahualilo, Francisco I. Madero, San Pedro) a partir de la construcción de varios pozos en las márgenes del río Nazas en el valle de "Villa Juárez", proyecto que se canceló por presentar muchas desventajas, entre las cuales se consideraron la capacidad limitada del acuífero, posibles impactos ambientales y altos costos de construcción y operación.
Cabe destacar que de acuerdo al reglamento para el manejo de las aguas subterráneas del subsuelo de la Comarca Lagunera publicado en el Diario Oficial en 1991, el acuífero de "Villa Juárez" quedó comprendido parcialmente en la zona de reserva de agua subterránea conocida como "La Burbuja", cuyo objetivo fue dar una protección especial a los mantos acuíferos para garantizar el abasto a la población.
Dada la importancia del acuífero de "Villa Juárez", se requiere mantener un estricto control de las extracciones de aguas subterráneas, incluso reducir el consumo mejorando la operación de los sistemas de agua potable y tecnificando la agricultura. Además, se deben incrementar los volúmenes de infiltración, manteniendo en esta área del río un gasto ecológico continuo y permanente. Estas acciones permitirían aumentar la recarga del acuífero Principal, incrementando las reservas de agua en el subsuelo de la zona conurbada.
